Свое наименование на Городу Спасский храм получил от местонахождения — в Земляном городе, на границе с Рубленым. Неподалеку от церкви начиналась городская рыночная площадь, на которой кроме торговых рядов стояли харчевные дворы и постоялые избы, амбары и кузницы, бани и угольные лавки. До генеральной перестройки Ярославля в конце XVIII века это место было «срединное для целого города. Сюда трудолюбивый мужичок вез продавать избытки трудов своих; тут же расторопный купец в скромных лавках, или вернее в палатках, терпеливо дожидал охотливых покупателей».

В рукописной истории Ярославля первой половины XIX века сохранилось описание этой торговой площади: с левой стороны, как выйдешь из кремля, на том же краю Медведицы лежал весь Гостиный двор деревянный квадратно , т. е. торговые ряды лавок ; насупротив того, через улицу, где теперь гимназия, следовали другие ряды лавок, хлебных, и открытая площадь, или рынок».

Первоначально Спасонагородский храм был деревянным — таким он значится в Переписной книге 1646 года. Ныне существующий каменный с северным приделом, «что под башнею» (имеется в виду его шатровое завершение), построен по благословению митрополита Ростовского Ионы на средства ярославского купца Игнатия Кислова в 1672 году. Через двадцать два года, в 1694, на средства другого местного купца, Ивана Кемского, в церкви Спаса на Городу был устроен еще один, теплый, придел.

До настоящего времени существует некоторая неясность в посвящении главного и придельных престолов, которую помогает устранить содержание стенописей, выполненных в 1693 году ярославской артелью мастеров под руководством Лаврентия Севастьянова и Федора Федорова.

Основную тематику настенной живописи четверика «составляет подробный рассказ об обретении Креста Господня царем Константином и матерью его Еленой». С древних времен в Константинополе происходило Изнесение Животворящего Креста Господня для освящения городских мест и отвращения болезней, это событие отмечается в церковном календаре 1/14 августа. На Руси с XII века в этот же день установлено празднество Всемилостивому Спасу и Пресвятой Богородице. Становится понятным, почему в документальных источниках и краеведческой литературе главный престол каменного храма именовался и как Спаса Всемилостивого (вплоть до начала XIX века), и в честь Происхождения Честных Древ Животворящего Креста Господня (с 1818 года). Но в повседневной жизни с давних времен до наших дней и приход, и саму церковь продолжают называть Спасскими.

В Ярославском государственном историко — архитектурном музее — заповеднике в бывшем Спасо — Преображенском монастыре с 23 января 2019 года в экспозиции музея находятся ЦАРСКИЕ ВРАТА XVII века, находившиеся (предположительно, согласно сохранившимся фотографиям)  в храме Спаса на Городу

Северный придел первоначально, без сомнения, был Никольским, и поэтому в его росписи преобладают сюжеты из жизни и деяний Мирликийского чудотворца. По завершении в 1694 году строительства южного придела (его часто называли теплым храмом), туда был перенесен престол во имя Святителя Николая, а северный придел переосвятили во имя архидиакона Стефана. Дата росписи зимнего храма неизвестна, но прои­зошло это, судя по стилистике сохранившихся фрагментов, в первых десятилетиях XVIII столетия. В 1831 году южный придел был частично переделан, а к западному фасаду при­строена новая паперть. В 1858 стенописи Спасонагородской церкви поновлялись, а в теплом Никольском приделе почти полностью, за исключением некоторых изображений, выпол­нены вновь масляными красками (поздняя запись была снята в ходе реставрации начала XXI века).

В 1918 году Спасонагородский храм значительно пострадал от обстрела: были разрушены портал, южный придел и шатер северного, пробиты во многих местах стены памятника; в 1925-1926 годах на средства цер­ковной общины ярославские реставраторы провели масштабные работы по вычинке шатра северного при­дела и восстановлению глав и кирпичной кладки после артиллерийского обстрела . Тем не менее последствия июльских событий 1918 года проявились в ходе работ на памятнике в 1972: реставратором М. Ф. Флегонтовым в кладке колокольни был обнаружен неразорвавшийся трехдюймовый снаряд.

Церковь Спаса на Городу была закрыта в 1929. В 2003 — храм передали в ведение Русской Православной Церкви, в этом же году накануне престольного праздника Происхождения Честных Древ Животворящего Креста Господня архиепископ Ярославский и Ростовский Кирилл совершил в летней церкви первую литургию. Владыка тогда благословил посвятить возобновляемый южный придел преподобному Серафиму Саровскому. В день преставления и второго обретения мощей святого, 2/15 января 2004 года, здесь прошла первая торжественная литургия с крестным ходом. В честь этого события владыка Кирилл на время отдал прихожанам церкви свою икону преподобного, а вскоре храм обрел и собственную икону Саровского чудотворца с частицей его мощей — в преддверии 250-летия со дня рождения преподобного Серафима ее подарила московская учительница.

Еще до этого в церковь Спаса на Городу торжественным крестным ходом из Федоровского кафедрального собора был перенесен старинный список с иконы Ярославской  Богоматери, найденный под Ростовом и восстановленный мурманским реставратором Сергеем. Необычна история  Обретения этой иконы. Мастер подарил его своей крестной матери. Она вложила обновленную святыню в Леушинское подворье в Санкт-Петербурге, настоятель которого протоиерей Геннадий Беловолов привез ее на Леушинское стояние. Архиепископ Кирилл увидел образ в Вауловском скиту и обратился с просьбой о его возвращении. На Покров в 2003 году икона была привезена в Ярославль и передана Ярославской епархии.

По решению владыки икона  находилась в Спасонагородском храме до завершения строительства кафед­рального Успенского собора, где определено ее пребывание, как в свое время и первообраза. Икона Ярославской Богома­тери в специальном киоте стояла слева перед иконостасом в южном приделе храма (именно в нем совершаются богослу­жения, поскольку четверик с северным приделом нуждаются в проведении капитальных реставрационных работ). Каждое воскресенье в церкви «при большом стечении народа перед образом Небесной Защитницы земли Ярославской служились водосвятные молебны, возносились молитвы о здравии и долгоденствии всех православных христиан».

Ежегодно 8/21 июня, в день празднования иконы  Ярославской Богоматери, проводился крестный ход из Спасонагородского храма по центральной части города к строящемуся тогда Успенскому собору, Афанасьевскому мона­стырю и церкви Ильи Пророка.

Почитается как одна из священных реликвий прихода и стенописный образ Спаса Вседержителя, снятый рес­тавраторами со стены над входом в южный придел, — он поставлен в киоте справа перед иконостасом. (Киоты и аналой изготовлены резчиками ярославской мастерской ♦Благовест».)

В 2006 году мастера иконописной мастерской при Покровском храме в Ростове во главе с иереем Димитрием Филипповичем Пивоварчуком завершили изготовление тяблового иконостаса, и 1 октября южный придел Спасонагородской церкви был освящен владыкой Кириллом во имя преподобного Серафима Саровского.

На пожертвования прихожан и благотворителей для храма Спаса на Городу написан большой образ Всех Святых, а устроенный в нем мощевик с частицами Древа Креста Господня и мощей 131 святого стал вкладом настоятеля иеромонаха Сергия (Барабанова).

В 2008 году в церковь была передана икона великомуче­ника Пантелеймона, в которую вставлен мощевик с частицей его главы. Образ украшен ризой, вышитой настоятелем, а ранее прихожанки вместе с о. Сергием устроили ризу для иконы Богоматери Скоропослушницы.

В современном периоде истории храма на колокольне появились новые девять колоколов, которые развешивались постепенно, начиная с 2004 года.Первый колокол весом 220 кг был отлит на средства, пожертвованные мэром Ярославля Виктором Владимировичем Волончунасом. Остальные колокола были отлиты в течение последующих лет при настоятеле иеромонахе Сергие на пожертвования благочестивых прихожан. Самый тяжелый колокол храма весом 100 пудов (1600 кг) был отлит в 2008 году. Второй по тяжести весит 820 кг.

ЧАСОВНЯ С ОБРАЗОМ СПАСА НЕРУКОТВОРНОГО Неподалеку от Спасонагородского храма стоит здание, где сейчас размещается Ярославский гарнизонный госпи­таль. С ним связана история чудотворного образа Спаса Нерукотворного, который считался, по словам И. А. Тихо­мирова, «чуть ли не первой святыней в городе».

На месте этого здания издавна стояла богадельня, горо­жане ее называли Красной, поскольку она была не оштукату­рена. Богадельня разделялась на две половины — мужскую и женскую; на наружной стене мужской половины был написан образ Нерукотворного Спаса, а на женской — помещалось изображение Богоматери Всех скорбящих Радость. К этим стенописным образам ярославцы относились с особым благоговением. Необходимо заметить, что в Ярославле было несколько чудотворных икон, написанных на наружных и внутренних стенах храмов, городовых башен, других зданий; их почитание — одна из характерных особенностей культа местных святынь.

По «высочайше конфирмованному плану 1778 года» городской рынок Ярославля от Спасского храма перевели на площадь между Спасским монастырем и церковью Рождества Богородицы, торговые лавки со службами сломали — на месте Красной богадельни предполагалось построить губернаторский дом. При разборке здания, по преданию, «один из работников осмелился ударить железом в ланиту Спасителя. Господь не потерпел такой дерзости: из язвы лика Его тотчас потекла кровь, и презритель свя­тыни на самом месте преступления наказан был внезапною смертию». На лике Спаса остался знак нанесенной раны. По другой версии, почитаемый образ хотели высечь из стены и перенести в Спасскую церковь, но «он не пошел и дерзких замыслителей наказал внезапной смертью. Это был первый гласный опыт чудодейственной силы святой иконы». Так или иначе, но стену с чудотворным образом не посмели тронуть, и она вошла в состав нового здания, где разместились губернская Гимназия и Благородный пансион.

Так гласила народная молва, но известие о богадельне имеется и в документальных источниках. В «Ведомости казенных строений», приложенной к рапорту ярославско­го коменданта бригадира В. Кудрявцева в Наместническое правление от 24 июля 1781 года, значится: в каменном здании, где размещается Гимназия для обучения дворян­ских детей наукам, прежде была так «называемая Красная богадельня».

Образ Спаса Нерукотворного оказался в арке во­рот, при въезде во двор гимназии. В 1830-х годах для предохранения святыни от сырости к ней был устроен «благолепный» киот, где «теплилось неугасимое масло и усердствующие возжигали свечи». При последующей перестройке гимназии и пансиона ворота перенесли в другое место, а в арке в 1844 году «на сумму доброхот­ных дателей» сооружена «скромная маленькая» часовня. В 1874 — гимназию закрыли, и через четыре года староста церкви Спаса на Городу, ярославский купец А. Ф. Свойкин, «желая сделать новую пристройку для входа в каменную часовню Нерукотворного Спаса Спасонагородской церкви вместо таковой же, пришедшей в расстройство», обратился в Ярославское строительное отделение с прошением утвер­дить на нее план. Разрешение на проведение работ дал Губернский инженер А.М. Достоевский, брат знаменитого писателя. В 1890-х годах часовню полностью перестроили по проекту архитектора Н.И. Поздеева. С 1886 года в здании гимназии разместились казармы , получившие по церкви название Спасских, после чего и часовня именовалась у Спасских казарм».

В 1841 году ярославец Доброхотов, изложив историю ^: богадельни в «Ярославских епархиальных ведомостях», подчеркнул сохранившееся с давних пор поклонение горожан чудотворному лику: «с утра до вечера вы увидите перед ним молящихся; и теперь добрая старушка, отпуская сына или внука  в город, строго наказывает зайти помолиться к Спасителю; каждый близ торгующий купец заходит поутру помолиться образу, прежде нежели отопрет свою лавку;

Никто не пройдет мимо Гимназии без того, чтоб не зайти и не помолиться образу».

Часовня была разобрана в 1928 году. Перед сносом ярославскими реставраторами проводилась работа по сня­тию образа Спаса со стены. Приведем отчет того времени, хранившийся в архиве: «В начале года (1928) вопрос о сломке часовни решен положительно и отделению было предложено принять меры к фиксации фрески. Работа по съемке оказалась не из легких из-за разрыхленности и сырости штукатурки без волокна и из-за холода в помещении.

Тем не менее был снят образ Спаса, глава ангела с откоса ниши и две главы святых, всего 0,79 м², работа произведена за счет общины Спасонагородской церкви».

Документов о судьбе снятой фрески с образом Спаса Нерукотворного не обнаружено.

Краткие. 1908. С. 40-41; Крылов. С. 36-40; Матерь Божия с тобою. С. 539-544; Миславский. С. 34-39; Никольский. Путе­водитель. С. 164-165; Преображенский. С. 37-41; Тихомиров. Ярославское Поволжье. С. 60-64; ЯГВ (неофиц. ч.). 1851. №6; № 14. С. 135-136; Ярославль в 1802 году. С. 113; Ярославская губерния в начале XIX. С. 56; ЯЕВ (неофиц. ч.). 1893. С. 826-828; ЯЕВ. 2004. Март — апрель. С. 20-21; 2005. Август — сентябрь. С. 36-37; 2007. Июль. С. 8; ГАЯО, кол. рукописей, on. 1, ед. хр. 295,л.2об.;ф. 80, on. 1, д. 550; ф. 230, оп. 1,д. 6б95,л. 13-14об._; оп. 2, д. 4075,4735,5062,5134, л. 260-270 об.; on. 13, д. 63, л, 81; ф. 582, on. 1, д. 202, л. 1; д. 504, л. 46; д. 505, л. 60 об.; д. 621, л. 1, 11, 32 об.; ф. Р-1401,оп. 1, д. 31, л. 87; ф. Р-1431, оп. 1,д. 1311, л. 307-309.